东南大学教育硕士专业学位授权点由东南大学研究生院统一归口管理，授权点的建设单位为东南大学生物科学与医学工程学院脑与学习科学系（原东南大学学习科学研究中心）。
东南大学为双一流建设高校（985、211），各类管理制度健全，同时针对教育硕士专业学位研究生培养，学位分委会和授权点建设单位还具体制订了《教育硕士专业学位授予标准》《东南大学专业学位研究生校外指导教师的实施办法》等教学管理制度，并在实际运行过程中严格按制度进行执行。
本学位授权点配备有专人负责专业硕士的教学管理，参照学校制定有专业硕士的管理办法，专门专人负责所有学生的教学档案管理，近三年学籍，培养方案，教学大纲，课表，试卷（答卷），成绩，教学质量评估，实践教学，论文开题报告，论文答辩记录等教学和学位申请文件齐全且规范。同时，东南大学档案馆保存有全部毕业生的学习档案信息。
